与牛奶直接接触的奶缸和牛奶冷却设备是残留牛奶污染的主要源头，也通常是持续高细菌数的主要原因。实际上，简单又不贵的清洗和消毒方案就可以消除这种污染源头。
好的清洗消毒方案至关重要！
挤奶机的清洁方案：
1. 卸下与奶缸连接处，卸掉牛奶过滤器
2. 冲洗挤奶杯组，启动清洗功能
3. 挤奶结束后（还未进行冷却时），立即启动预冲洗功能（温水）
4. 清洗程序（65-80°C, 5-10 分钟）
5. 冲洗（用冷水，直至冲净所有化学品残留）
搞好挤奶杯组卫生可以消除交叉感染。奶牛被感染意味着产奶量下降，但也意味着挤奶过程中交叉传染给其他奶牛的风险。挤奶杯组应在“风险奶牛”挤奶后进行消毒。
饮水：创新的技术给健康的习惯提供支持充足的饮水是奶牛生产中至关重要的组成部分，若饮水暴露于病原细菌的环境中受到污染，动物就会发病。沙门氏菌、链球菌、大肠杆菌及卵囊可以通过饮水系统轻易地传播到所有牛舍。生物膜以及矿物质沉淀为细菌在饮水线里的繁殖创造理想的条件。矿物质沉淀（铁、镁、钙等等）越多（如，因水源水质过硬引起），有机物包括细菌就越容易侵入到饮水线的内边缘。